正門を入ってすぐ左手にあるチャペルは、神戸松蔭女子学院大学のシンボルです。
高い天井、ステンドグラスから差し込む光、パイプオルガンの気品ある響き。日常とは違う荘厳な雰囲気を感じることでしょう。お昼休みの時間帯に行われるヌーン・サービス（昼の礼拝）も、神戸松蔭ならでは。昼の慌ただしいひとときですが、神を前に心を静めて祈りを捧げています。
その他、イースター・キャロルやクリスマス・キャンドルサービス、コンサートなどキリスト教に関するさまざまなイベントも開催。また、チャペルでは卒業生を対象とした結婚式も行っており、これまでに1,000組近くのカップルが式を挙げています。